Table 2 Amino acid sequence of exons 9 and 11 of wild-type and mutated KIT protein

Exon 11	550																560																			570										580
Wild type	K	P		M	Y		E	V		Q	W		K		V		V		E		E		I	N		G		N		N		Y		V		Y	I	D	P	T	Q	L	P	Y	D	H	K	W	E	F	P	R	N	R	L

Cases 5, 67, 76, 78	K	P		M	Y		E	V		Q	W		K		D		V		E		E		I	N		G		N		N		Y		V		Y	I	D	P	T	Q	L	P	Y	D	H	K	W	E	F	P	R	N	R	L
Case 7	K	P		M	Y		E	V		Q	W		–		V		V		E		E		I	N		G		N		N		Y		V		Y	I	D	P	T	Q	N	P	Y	D	H	K	W	E	F	P	R	N	R	L
Case 10	K	P		M	Y		E	V		Q	W		K		V		V		E		E		I	–		–		–		–		–		V		Y	I	D	P	T	Q	L	P	Y	D	H	K	W	E	F	P	R	N	R	L
Cases 11, 59	K	P		M	Y		E	V		Q	W		K		V		–		E		E		I	N		G		N		N		Y		V		Y	I	D	P	T	Q	L	P	Y	D	H	K	W	E	F	P	R	N	R	L
Case 13	K	–		–	–		E	V		Q	W		K		V		V		E		E		I	N		G		N		N		Y		V		Y	I	D	P	T	Q	L	P	Y	D	H	K	W	E	F	P	R	N	R	L
Cases 14, 40	K	P		M	Y		E	V		Q	W		K		V		E		E		E		I	N		G		N		N		Y		V		Y	I	D	P	T	Q	L	P	Y	D	H	K	W	E	F	P	R	N	R	L
Case 15	K	P		M	Y		E	V		Q	F		–		V		V		E		E		I	N		G		N		N		Y		V		Y	I	D	P	T	Q	L	P	Y	D	H	K	W	E	F	P	R	N	R	L
Case 16	K	P		M	Y		E	V		Q	W		K		V		V		E		E		I	N		G		N		N		Y		V		F	I	D	P	T	Q	L	P	Y	D	H	K	W	E	F	P	R	N	R	L
Case 17	K	P		M	Y		E	V		Q	G		K		V		V		E		E		I	N		G		N		N		Y		V		Y	I	D	P	T	Q	L	P	Y	D	H	K	W	E	F	P	R	N	R	P
Case 19	K	P		–	–		–	–		–	–		–		–		–		–		–		–	–		–		–		–		–		–		–	I	D	P	T	Q	L	P	Y	D	H	K	W	E	F	P	R	N	R	L
Cases 22, 39, 57, 70	K	P		M	Y		E	V		Q	W		K		V		V		E		E		I	N		G		N		N		Y		V		Y	I	D	P	T	Q	P	P	Y	D	H	K	W	E	F	P	R	N	R	L
Case 24	K	P		M	Y		E	V		Q	W		K		G		V		E		E		I	N		G		N		N		Y		V		Y	I	D	P	T	Q	L	P	Y	D	H	K	W	E	F	P	R	N	R	L
Case 28	K	P		M	Y		E	V		Q	W		K		V		V		E		E		I	N		G		N		N		Y		V		Y	I	D	P	T	H	–	T	Y	D	H	K	W	E	F	P	R	N	R	L
Case 33	K	P		M	Y		E	V		Q	W		K		V		D		E		E		I	N		G		N		N		Y		V		Y	I	D	P	T	Q	L	P	Y	D	H	K	W	E	F	P	R	N	R	L
Case 37	K	P		M	Y		E	V		Q	W		K		–		V		E		E		I	N		G		N		N		Y		V		Y	I	D	P	T	Q	L	P	Y	D	H	K	W	E	F	P	R	N	R	L
Cases 38, 42, 47	K	P		M	Y		E	V		Q	–		–		V		V		E		E		I	N		G		N		N		Y		V		Y	I	D	P	T	Q	L	P	Y	D	H	K	W	E	F	P	R	N	R	L
Case 45	Q	R		–	–		–	–		–	–		K		V		V		E		E		I	N		G		N		N		Y		V		Y	I	D	P	T	Q	L	P	Y	D	H	K	W	E	F	P	R	N	R	L
Case 48*	–	–		–	–		–	–		–	–		K		V		V		E		E		I	N		G		N		N		Y		V		Y	I	D	P	T	Q	L	P	Y	D	H	K	W	E	F	P	R	N	R	L
Case 50	K	P		M	Y		E	V		Q	W		K		V		V		E		E		I	–		–		–		–		–		–		–	–	–	–	–	–	–	–	Y	D	H	K	W	E	F	P	R	N	R	L
Case 51	K	P		M	Y		E	V		–	–		K		V		V		E		E		I	N		G		N		N		Y		V		Y	I	D	P	T	Q	L	P	Y	D	H	K	W	E	F	P	R	N	R	L
Case 55	K	P		M	Y		E	V		Q	R		K		V		V		E		E		I	N		G		N		N		Y		V		Y	I	D	P	T	Q	L	P	Y	D	H	K	W	E	F	P	R	N	R	L
Case 64	K	P		M	Y		E	V		Q	W		N		–		V		E		E		I	N		G		N		N		Y		V		Y	I	D	P	T	Q	L	P	Y	D	H	K	W	E	F	P	R	N	R	L
Case 65	I	–		–	–		–	V		Q	W		K		V		V		E		E		I	N		G		N		N		Y		V		Y	I	D	P	T	Q	L	P	Y	D	H	K	W	E	F	P	R	N	R	L
Case 66	K	P		M	Y		E	V		H	–		–		–		–		–		–		–	–		–		–		–		–		–		–	–	–	P	T	Q	L	P	Y	D	H	K	W	E	F	P	R	N	R	L
Case 68	K	P		M	Y		E	V		–	–		K		V		V		E		E		I	N		G		N		N		Y		V		Y	I	D	P	T	Q	L	P	Y	D	H	K	W	E	F	P	R	N	R	L
Case 69	K	P		M	Y		E	V		Q	W		K		V		V		E		E		I	N		G		N		K		–		–		–	–	–	–	–	–	V	P	Y	D	H	K	W	E	F	P	R	N	R	L
Case 73	K	P		M	Y		E	V		P	–		–		–		–		–		E		I	N		G		N		N		Y		V		Y	I	D	P	T	Q	L	P	Y	D	H	K	W	E	F	P	R	N	R	L
Case 74	K	P		M	Y		E	V		Q	W		K		V		V		E		E		I	N		G		N		N		Y		V		Y	I	D	P	T	Q	L	P	Y	D	H	P	T	Q	L	P	Y	D	H	L
Case 75	K	P		M	Y		E	V		Q	W		–		–		–		E		E		I	N		G		N		N		Y		V		Y	I	D	P	T	Q	L	P	Y	D	H	K	W	E	F	P	R	N	R	L
Case 77	K	P		M	Y		E	V		Q	W		–		–		–		–		–		–	–		–		–		–		–		–		–	–	–	–	–	–	–	P	Y	D	H	K	W	E	F	P	R	N	R	L

Exon 9	470								–			*500*																					510
Wild type	F		G			K			–			T		S		A		Y		F		N			F		A		F		K		G		N

Case 2	F		R			K			–			T		S		A		Y		F		N			F		A		F		K		G		N
Cases 1, 12, 18	F		G			K			–			T		S		A		Y		A		Y			F		N		F		A		F		K

–, deleted amino acid residues.
*Includes an insertion of two residues (histidine and asparagine) in codon 550, besides the represented deletion.